－1細胞完全長トータルRNAシーケンス法の開発に成功－ 要旨 理化学研究所（理研）情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニットの林哲太郎センター研究員、尾崎遼基礎科学特別研究員、二階堂愛ユニットリーダーらの研究チーム ※ は ...

RNA-seq解析をやってみたい。 論文も読みたいし、将来のキャリアにも役立ちそう。 こう感じている生命科学系研究者は非常に多いです。 この記事では、バイオインフォマティクス初学者がRNA-seq解析を始めるための現実的なステップを、実務視点で整理します。

－細胞機能を網羅的・高精度・低コストに同定可能に－ 要旨 理化学研究所（理研）情報基盤センターバイオインフォマティクス研究開発ユニットの笹川洋平上級センター研究員、團野宏樹センター研究員（研究当時）、二階堂愛ユニットリーダーらの共同 ...

皆さんは日々増加するRNA-seqデータの解析に、どのようなツールを使っていますか？ 従来のツールでは複数サンプルを同時に分析する際に精度や効率の問題を抱えていませんか？ 本記事では、機械学習を活用した次世代RNA-seqアセンブラー「Aletsch（アレッチ ...

生命科学の研究方法として、「シングルセル（単一細胞）解析」が大きな注目を浴びている。臓器に含まれる細胞を個別に解析していく研究方法であり、細胞集団を解析して平均値を捉えるこれまでの手法では見逃されてきた新しい細胞種、また、これまで ...

MultiPerturb-seq: プール型CRISPRスクリーンと, 単一核ATAC-seq並びにRNA-seqとの融合 [出典] "Pooled CRISPR screens with joint single-nucleus chromatin accessibility and transcriptome profiling" Yan RE [..] ...

Perturb-seq: プール型遺伝子スクリーンのスケーラブルなscRNA-seqプロファイリングによる分子回路分析法 Atray Dixit et al. “Perturb-Seq: Dissecting Molecular Circuits with Scalable Single-Cell RNA Profiling of Pooled Genetic Screens.” Cell.